Khi ông trở về nước, triều đình Triều Tiên xảy ra sự kiện phế vua Gwanghaegun (Quang Hải Quân) đưa vua Injo (Triều Tiên Nhân Tổ) lên ngôi, ông lại ra làm quan ở bộ Lại (이조, Ijo, Lại tào), thăng dần lên chức vụ cao nhất là Ijo Panseo (Hangul: 이조판서, Lại tào Phán thư), tương đương Thượng thư Lại bộ. Trong những tác phẩm sau này của ông, Jibong jib (Hangul: 지봉집, Chi Phong tập) và Chaesin Jablock (Hangul: 채신잡록, Thái tân tạp lục), ông không đề cao Nho giáo mà nhấn mạnh phải học phương Tây để kiến thiết quốc gia. Ông cũng phải giải quyết hậu quả về kinh tế, chính trị sau bảy năm chiến tranh với Nhật. Ông cũng đề cao ý tưởng về bình đẳng. Ý tưởng của ông lấy cảm hứng từ Nho giáo và Công giáo. Những cuốn sách của ông còn được lưu giữ tại Changsu Seowon (Học viện Khổng giáo Changsu) ở Suwon, Gyeonggi.

Những người mà ông có ảnh hưởng là các học giả ở thế kỉ 17 của Hàn Quốc, Yu Hyung-won (1622-1673) và Yun Jeung (尹拯, 1629-1714).[10]

Ông mất năm 1628, được tôn thụy hiệu Văn Giản (文簡, 문간, Mungan) và truy phong hàm Yeonguijeong (領議政, Lĩnh nghị chính), tương đương Tể tướng.